Syöpäinstituutin toimielimiä ovat hallitus ja tieteellinen neuvottelukunta. Hallitus suunnittelee toimintaa ja varainhankintaa, päättää tutkijoiden toimista sekä huolehtii yhteiskunnallisesta vaikuttamisesta. Hallituksen jäsenet valitaan kolmeksi kalenterivuodeksi kerrallaan. Hallitukseen kuuluu kuudesta yhdeksän jäsentä.
Tieteellisen neuvottelukunnan (TNK) kokoonpano on vähintään kuusi ja enintään 15 hallituksen nimittämää jäsentä. TNK:n jäsenten tulee olla kansainvälisen tason syöpätutkijoita ja edustaa monipuolisesti syöpätutkimuksen eri osa-alueita. TNK:n tehtävä on seurata Syöpäinstituutin toimintaa tieteelliseltä kannalta sekä tehdä hallitukselle esityksiä tutkijoiksi nimitettävistä henkilöistä.
Syöpäinsituutin tilintarkastajana toimii Oy Audicon Ab. Toimitusjohtaja on Tiina Vesterinen.
Syöpäinstituutti on sitoutunut noudattamaan Avoimuusrekisterin neuvottelukunnan laatimia hyvän edunvalvontatavan suosituksia.
Hallitus 2026:
Lea Sistonen (puheenjohtaja)
Peeter Karihtala (varapuheenjohtaja)
Sanna Aunesluoma
Lotta Kopra
Heikki Lehtonen
Tomi Mäkelä
Erik Vahtola
Tapio Visakorpi
Tieteellinen neuvottelukunta 2026:
Päivi Ojala (puheenjohtaja)
Arto Mannermaa (varapuheenjohtaja)
Anniina Färkkilä
Sampsa Hautaniemi
Maija Hollmen
Johanna Ivaska
Jussi Koivunen
Veli-Matti Kosma
Sirpa Leppä
Matti Nykter
Janne Pitkäniemi
Ari Ristimäki
Toni Seppälä
Ulla Wartiovaara-Kautto
Juha Väyrynen